Используется как металлохромный индикатор в титриметрическом определении Ва, Са, Сd, Sr при рН10 (переход окраски от синей к красной), Сu, In, Zn, Pb при рН4 (от красной к желтой). Наиболее популярна методика определения кальция в сыворотке и моче человека с ализарин-комплексоном.

Ализарины используют в качестве стандарта для количественной идентификации производных антрацена в лекарственном растительном сырье и фитопрепаратах; как аналитический реагент для количественного определения металлов.